Di dalam usus halus protein makanan dicerna total menjadi asam-asam amino, yang kemudian diserap melalui sel-sel epithelium dinding usus. Semua asam amino larut didalam air sehingga dapat berdifusi secara pasif melalui membrane sel.
Ternyata bahwa kecepatan dan mudahnya asam-amino menembus membrane sel melebihi hasil difusi pasif, dan untuk berbagai asam amino tidak sama, ada yang lebih mudah dan cepat, tetapi ada yang lebih lambat penyerapannya.
Bahkan asam-asam amino tersebut dapat diserap menentang suatu gradient konsentrasi (concentration gradient), yang tidak mungkin terjadi pada difusi pasif.
Penyerapan asam-asam amino telah banyak sekali dipelajari, baik in vivo maupun in vitro, (metode cincin usus, kantong intenstine bagi penelitian in vitro; intestinal loop, balance tehnik bagi in vivo).
Penelitian-penelitian tersebut menunjukkan bahwa asam-asam amino diserap secara aktif. Ada tanda-tanda bahwa masing-masing kelompok asam amino (asam amino netral, asam amino basa dan asam amino asam), diserap secara aktif mempergunakan satu transport carrier untuk masing-masing kelompok tersendiri-sendiri.
Akibat adanya kompetisi dianatara sesama anggota satu kelompok, maka penyerapan sesuatu asam amino murni berbeda dengan penyerapannya bila didalam suatu kelompok . beberapa sifat terdapat pada suatu mekanisme penyerapan aktif:
- Aliran zat yang diserap dapat menentang gradient konsentrasi,
- Memerlukan energy
- Menunjukkan fenomena jenuh pada ketinggian konsentrasi tertentu.
- Menunjukkan gejala persaingan antara para anggota dari satu kelompok yang mempergunakan carrier yang sama, dan
- Dihambat oleh zat-zat penghambat oksidasi.
Pada umumnya protein dicerna dan diserap secara sempurna, sehingga didalam tinja praktis takk tersisa protein makanan. Memang didalam tinja ada protein, tetapi bukan berasal dari makanan, melainkan dari cairan pencernaan, dari sel-sel epithel usus yang terlepas dan sebagian besar dari mikroflora usus yang terbawa kedalam tinja tersebut.
Pada gangguan pencernaan dan penyerapan, protein makanan dapat terbawa kedalam colon dan dipecah oleh mikroflora usus.
Pemecahan protein oleh mikroflora usus menimbulkan proses pembusukan (putrefaction); hasil pemecahan protein dan asam amino diantaranya gas H2S, indol dan skatol, yang berbau busuk. Dekarboksilasi asam-asam amino menghasilkan berbagai ikatan amino yang toksik.
Kumpulan ikatan-ikatan ini diberi nama ptomaine; dua anggota ptomaine ialah putrescine dan cadaverine. Zat-zat toksik ini dapat diserap oleh tubuh dan memberikan keluhan-keluhan, seperti demam dan gatal-gatal.
Ada pula polypeptide atau molekul protein dengan berat molekul rendah yang dapat menembus lapisan epitel usus dan masuk diserap kedalam cairan tubuh dan aliran darah.
Polypeptide dan protein asing (bukan asli dibuat di dalam metabolisme tubuh itu sendiri) yang masuk kedala milieu interieur, bersifat antigenic, merangsang alat pertahanan tubuh untuk menggerakkan upaya-upaya perlawanan, diantaranya dengan membuat badan-badan anti (antibodies).
Antibody bereaksi melawan antigen, dan reaksi demikian disebut reaksi alergik, menimbulkan gejala-gejala alergik. Pada dasarnya gejala-gejala ini menyangkut pembuluh darah dan otot-otot polos.
Manifestasi reaksi alergik dapat berupa kontraksi otot-otot polos pada saluran pernapasan, sehingga terjadi serangan asmatik. Dapat pula reaksi tersebut berupa permeabilitas kapiler darah meningkat, sehingga terjadi oedema local, terutama pada permukaan kulit, sehingga terjadi urticaria (biduran).
Atas dasar inilah terdapat orang-orang yang alergis terhadap beberapa jenis makanan sumber protein, terutama jenis ikan laut, kerang dan udang. Malah adapula kasus alergik terhadap air susu.