Kalau susunan asam-asam amino jumlah dan jenisnya didalam protein makanan sama dengan susunan yang diperlukan untuk sintesa protein tubuh, maka semua asam amino protein makanan tersebut akan dipergunakan, sehingga efisiensi penggunaannya 100%.
Bila ada satu atau lebih asam amino esensial mempunyai kwantum yang lebih rendah dari yang diperlukan untuk sintesa protein tubuh, maka hanya sebagian saja dari seluruh asam amino esensial makanan tersebut dapat dipergunakan, sehingga efisiensi penggunaan protein makanan tersebut lebih rendah dari 100%.
Bila ada satu atau lebih asam amino esensial mempunyai kwantum yang lebih rendah dari yang diperlukan untuk sintesa protein tubuh, maka hanya sebagian saja dari seluruh asam amino esensial makanan tersebut dapat dipergunakan, sehingga efisiensi penggunaan protein makanan tersebut lebih rendah dari 100%.
Jadi persentase penggunaan protein makanan ditentukan oleh ada atau tidaknya semua jenis asam amino esensial didalam makanan tersebut, masing-masing dalam kwantum yang mencukupi kebutuhan untuk sintesa protein tubuh.
Bila ada satu atau lebih asam amino esensial dalam protein makanan kurang dari kebutuhan untuk sintesa protein tubuh, maka efisiensi pemakaian protein makanan tersebut ditentukan oleh asam amino esensial yang kwantumnya terendah dibandingkan dengan kwantum asam amino yang bersangkutan didalam PAP.
Asam amino esensial yang kwantumnya kurang dari 100% dibandingkan dengan PAP, disebut asam amino pembatas (limiting amino acid). Suatu protein makanan mungkin mempunyai satu asam amino limiting, tetapi mungkin pula lebih, dengan jumlah maksimum 8 buah untuk orang dewasa.
Bila kadar asam amino esensial melebihi 100%, tidak akan berpengaruh atas efisiensi pemakaian protein tersebut. Bila suatu protein makanan mempunyai lebih dari satu asam amino pembatas, diberikan nomor menurut tingkat persentasenya, mulai dengan persentase terendah, asam amino pembatas pertama, kedua, ketiga dan seterusnya.
Persentase asam amino pembatas pertama itulah yang disebut skor kimia dari protein makanan tersebut, dan ini memberikan derajat efisiensi pemakaian protein tersebut untuk sintesa protein tubuh.
Skor kimia dapat dipergunakan untuk menilai kualitas protein makanan secara numeric obyektif (quantitative scoring). Protein makanan yang mempunyai skor kimia tinggi, disebut protein kualitas tinggi, sedangkan yang nilai skor kimianya rendah, disebut pula protein berkualitas rendah.
Jadi dapat disimpulkan bahwa pada dasarnya kualitas sesuatu protein makanan ditentukan oleh terdapat atau tidaknya asam-asam amino esensial masing-masing dalam kwantum yang mencukupi kebutuhan tubuh untuk sintesa prptein badan.