Penyebab langsung dari KKP adalah defisiensi kalori maupun protein dengan berbagai tekanan sehingga terjadi spectrum gejala-gejala dengan berbagai nuansa dan melahirkan klasifikasi klinik yang telah disebutkan di sebelumnya
Penyebab tak langsung dari KKP sangat banyak, sehingga penyakit ini disebut juga sebagai penyakit dengan causa multifaktorial. Berbagai factor penyebab KKP dan antar hubungannya sudah banyak diajukan sebagai berbagai bentuk system holistic, yang menggambarkan interelasi antar factor dan menuju ke titik pusat KKP tersebut.
Pada lapis terdalam, sebab langsung dari KKP ialah konsumsi kurang dan sebab tak langsungnya hambatan absorbs dan hambatan utilisasi zat-zat gizi berbagai hal, misalnya karena penyakit. KKP karena sebab primer (langsung) disebut KKP primer dan yang disebabkan factor tak langsung disebut KKP sekunder. Penyakit infeksi dan infestasi cacing dapat memberikan hambatan absorpsi dan hambatan utilisasi zat gizi yang menjadi dasar timbulnya penyakit KKP.
Sebab-sebab tak langsung pada lapis kedua (lapis luar) ada beberapa yang dominan, ialah ekonomi Negara yang kurang, pendidikan umum dan pendidikan gizi yang rendah, produksi pangan yang tidak mencukupi kebutuhan, kondisi hygiene yang kurang baik dan jumlah anak-anak yang terlalu banyak.
Sebab antara adalah pekerjaan yang rendah, penghasilan yang kurang, pasca panen, system perdagangan dan distribusi yang tidak lancer serta tidak merata. Juga penyakit infeksi dan infestasi cacing merupakan sebab antara yang cukup penting bagi timbulnya penyakit KKP.