Seorang bayi sering terkena diare diakibatkan terinfeksi jalan lahir waktu dilahirkan terutama bila menelan air ketuban saat terjadi proses persalinan. Apalagi bila air ketubannya sudah pecah beberapa jam atau beberapa hari sebelum bayi lahir, hingga beresiko air ketuban sudah terinfeksi kuman. Sebetulnya, bila air ketubannya tidak terinfeksi, sekalipun tertelan bayi tidak masalah. Selama bayi dikandunganpun minum air ketuban, dengan sendirinya cairan tersebut akan terserap oleh tubuh bayi.
Sayangnya bayi diare yang terjadi akibat infeksi agak sulit dibedakan dengan BAB karena sebab lain. Apalagi bila si bayi menyusu ASI. Pada anusnya juga akan tampak kemerahan karena sering BAB. Untuk itu, perlu pemeriksaan laboratorium guna mengetahui apakah diarenya karena ASI atau terinfeksi kuman. Apabila akibat infeksi, namun diarenya biasa saja, tidak perlu khawatir atau penanganan khusus. Biasanya akan sembuh sendiri.
Apalagi jika bayi menyusu ASI, karena ASI mengandung zat antibodi yang menetralisir kuman. Lain halnya bila diarenya hebat, hingga membuat daya tahan tubuh bayi jelek, lalu infeksinya menjalar kemana-mana. Misal yang tadinya Cuma disaluran usus, kini menyebar masuk ke darah dengan manifestasi lain seperti sepsis dan radang selaput otak. Tubuhnya akan sangat panas. Hal ini bisa terjadi hanya dalam waktu seminggu. Umumnya infeksi sistemik atau ke seluruh tubuh inilah yang paling ditakutkan karena bisa berakibat fatal sehingga bayi tidak tertolong.