Absorbsi vitamin B12 mempunyai mekanisme sangat rumit dan unik. Didalam sekresi gaster terdapat enzim transferase yang disebut factor Intrinsik (FI).
Factor intrinsic mengikat vitamin B12 yang membuat vitamin ini resisten terhadap serangan mikroba yang menghuni rongga usus. Dalam bentuk terikat kapada FI Vitamin B12 ditranspor menembus mukosa usus.
Pada manusia, FI dihasilkan oleh sel-sel cardia ventriculi. Didalam rongga ileum ikatan FI-Vitamin B12 membuat kompleks dengan Ca dan Mg untuk kemudian diabsorpsi oleh dinding usus dan setelah menempel, Vitamin B12 dilepaskan lagi oleh liberating enzyme yang terdapat didalam sekresi dinding usus.
Vitamin B12 yang telah terlepas kembali kemudian diserap menembus epithel dan masuk kedalam mukosa usus halus. Bagaimana tepatnya mekanisme penyerapan terakhir ini tidak jelas diketahui.
Mekanisme yang dibicarakan diatas itu hanya berlaku bagi hydroxo cobalamine dan cyano cobalamine, tidak berlaku bagi cobalamine derivate lainnya (Chloro cobalamine, nitrocobalamine, dan thiocyano cobalamine).
Didalam darah vitamin B12 ditranspor terkonjugasi pada globuline. Darah seorang normal mengandung vitamin B12 sebesar 200-900 uug/ml, sedangkan kapasitas transport maksimal adalah 500-1100 uug/ml, sehingga pada keadaan normal terdapat kejenuhan 60% dari kapasitas maksimal.
Hanya sebagian kecil saja dari vitamin B12 yang terikat kepada globuline itu diekskresikan melalui ginjal kedalam urine. Vitamin B12 yang diberikan dengan suntikan (IM) hanya akan ditemukan kembali didalam urine bila dosisnya melebihi 50 ug, dan kwantum yang diekskresikan didalam urine itu hampir kwantitatip. Sifat ini dipergunakan dalam loadingstest Vitamin B12 menurut SCHILLING.
Oral dosis Vitamin B12 akan ditemukan didalam darah lebih lambat bila terdapat FI didalam lambung, tetapi lebih cepat bila tidak ada FI.
Puncak kadarnya didalam darah tercapai 2-4 jam postdosing bila tidak ada FI, tetapi 10-12 jam bila terdapat FI, tampaknya mekanisme pengikatan oleh FI memperlambat penyerapan Vitamin B12.
Kadar vitamin B12 didalam plasma darah tidak merefleksikan status gizi Vitamin B12 didalam jaringan. Vitamin B12 yang melebihi kapasitas mengikat vitamin didalam darah, diekskresikan didalam urine.
Pada kondisi konsumsi fisiologis Vitamin B12 terutama diekskresikan didalam cairan empedu, konsentrasinya didalam cairan empedu terdapat sepuluh kali didalam urine.
Vitamin B12 terutama ditimbun didalam hati, dan Vitamin B12 yang terdapat didalam cairan empedu ini berasal dari simpanan di dalam hati tersebut.
Vitamin B12 yang diekskresikan didalam cairan empedu ini sebagian diserap kembali didalam usus halus, mengalami lingkaran enterohepatik. Data menunjukkan bahwa cairan empedu ini mengandung FI yang mendorong penyerapan kembali Vitamin B12.