Kualitas suatu protein ditentukan terutama oleh adanya semua asam amino esensial dalam jumlah masing-masing sesuai dengan kebutuhan tubuh. Jadi harus terdapat suatu perbandingan kwantum tertentu diantara semua asam amino esensial tersebut.
Perbandingan yang terbaik adalah yang terdapat pada PAP (provisional aminoacid pattern) menurut WHO-FAO, perbandingan antara asam-asam amino yang terdapat dalam PAP inilah yang dianggap paling serasi dan seimbang, dan mempunyai skor kimia bernilai 100. Jadi keseimbangan antara asam-asam amino esensial didalam makanan menentukan efisiensi pemakaian protein makanan tersebut.
Pada binatang percobaan telah terbukti bahwa campuran asam amino esensial yang tidak seimbang memberikan berbagai hambatan pada metabolisme dan kondisi gizi yang berhubungan dengan protein dan asam amino.
Pengaruh pertama yang tampak pada binatang percobaan yang diberi makanan yang mengandung campuran asam-asam amino yang tidak seimbang, ialah penurunan nafsu makan.
Pada anak-anak yang menderita gizi salah, sebab pertama biasanya ketidakseimbangan protein didalam makanannya. Ini menyebabkan penurunan nafsu makan, yang pada gilirannya mengurangi konsumsi zat-zat gizi, terutama kalori dan vitamin-vitamin.
Karena bahan makanan pokok beras memberikan sebagian besar kalori dan protein, maka penurunan konsumsi nasi ini akan sekaligus memberikan kekurangan kalori dan protein, sehingga terjadilah penyakit kurang kalori dan protein (KKP)
Selanjutnya ketidak seimbangan asam-asam amino ini memberikan pula hambatan penyerapan berbagai zat gizi, dengan akibat memperberat defisiensi berbagai zat gizi tersebut.
Juga utilisasi zat-zat gizi menurun sebagai akibat susunan asam-asam amino yang tidak seimbang. Ketidak seimbangan asam-asam amino terdapat pada makanan mengandung protein dengan skor kimia rendah, jadi mempunyai efisiensi yang rendah pula pada penggunaan protein.
Maka pada anak-anak yang menderita KKP, sebab yang permulaan sekali mungkin karena ketidak seimbangan asam-asam amino didalam makanannya.
Susunan makanan ini akan memberikan penurunan nafsu makan, yang berakibat pula pengurangan konsumsi zat-zat gizi dan begitulah seterusnya kondisi gizi akan semakin menurun, sehingga terjadi keadaan penyakit KKP yang semakin berat.
Karena itu, terapi yang terutama adalah pemberian susunan makanan yang adekuat, mengandung protein yang seimbang dan cukup kuantitasnya, serta mudah dicerna.