Ada tiga cara yang dapat ditempuh untuk menghidrolisasikan protein:
1. Hidrolisa Asam
Dengan mempergunakan asam keras anorganik, seperti HCL atau H2SO4 pekat (4-8 normal) dan dipanaskan pada suhu mendidih, dapat dengan tekanan diatas satu atmosfer. Hidrolisa dilakukan untuk beberapa jam.
2. Hidrolisa Alkalis
Dilakukan dengan mempergunakan alkali kers, seperti NaOH dan KOH, juga pada suhu tinggi, dilakukan untuk beberapa jam, dengan tekanan diatas satu atmosfer.
3. Hidrolisa Enzimatik
Dilakukan dengan mempergunakan enzim. Dapat dipergunakan satu enzim saja, atau beberapa enzim yang berbeda berturut-turut . disini hidrolisa dilakukan pada pH dan suhu optimum, sekitar pH dan suhu badan.
Hasil Hidrolisa kimiawi (dengan asam atau dengan basa) ialah campuran asam-asam amino individual sejumlah 20-24 jenis, karena beberapa asam amino mengalami kerusakan dan beberapa lagi mengalami perubahan menjadi derivatnya.
Pada hidrolisa enzimatik, hasilnya ialah campuran ikatan-ikatan antara (metabolite) berbentuk polypeptide, disamping asam-asam amino individual.
Pada metoda enzimatik ini pada umumnya tak ada asam aminoyang rusak atau mengalami modifikasi menjadi derivate, hidrolisa biasanya tidak total, tetapi dihasilkan intermediate metabolite.
Hasil hidrolisa dengan metoda manapun, harus dipisah-pisahkan menjadi asam-asam amino murni. Ada berbagai cara untuk memisahkan asam-asam amino secara murni masing-masing; diantaranya dengan metode elektrophoresis, dan dengan chromatography (kolon, TLC atau Chromatography kertas).
Kemudian masing-masing asam amino dapat ditentukan kadarnya dengan reaksi warna (ninhydrin) atau dengan cara mikrobiologi, mempergunakan mikroba khusus.