Pencernaan protein makanan
Di dalam rongga mulut, protein makanan belum mengalami proses pencernaan. Baru didalam lambung terdapat enzim pepsine dan HCl yang bekerjasama memecah protein makanan menjadi metabolite intermediate tingkat polypeptide, yaitu peptone, albumosa dan proteosa.
Didalam duodenum protein makanan yang sudah mengalami pencernaan parsial itu dicerna lebih lanjut oleh enzim yang berasal dari cairan pancreas dan dari dinding usus halus.
Pangkreas menghasilkan enzim-enzim proteolitik trypsine dan chemotrypsine, sedangkan sekresi dinding usus mula-mula disangka hanya terdiri atas satu enzim yang diberi nama erepsine, tetapi kemudian ternyata erepsine tersebut merupakan campuran dari sejumlah enzim-enzim oligopeptidase, yaitu yang memecah ikatan-ikatan oligopeptida. Oleh erepsine, oligopeptida dipecah lebih lanjut menjadi asam-asam amino. Cairan empedu tidak mengandung enzim yang memecah protein.
Absorpsi dan transport
Di dalam usus halus protein makanan dicerna total menjadi asam-asam amino, yang kemudian diserap melalui sel-sel epithelium dinding usus. Semua asam amino larut didalam air sehingga dapat berdifusi secara pasif melalui membrane sel.
Ternyata bahwa kecepatan dan mudahnya asam-amino menembus membrane sel melebihi hasil difusi pasif, dan untuk berbagai asam amino tidak sama, ada yang lebih mudah dan cepat, tetapi ada yang lebih lambat penyerapannya.
Bahkan asam-asam amino tersebut dapat diserap menentang suatu gradient konsentrasi (concentration gradient), yang tidak mungkin terjadi pada difusi pasif.
Penyerapan asam-asam amino telah banyak sekali dipelajari, baik in vivo maupun in vitro, (metode cincin usus, kantong intenstine bagi penelitian in vitro; intestinal loop, balance tehnik bagi in vivo).
Penelitian-penelitian tersebut menunjukkan bahwa asam-asam amino diserap secara aktif. Ada tanda-tanda bahwa masing-masing kelompok asam amino (asam amino netral, asam amino basa dan asam amino asam), diserap secara aktif mempergunakan satu transport carrier untuk masing-masing kelompok tersendiri-sendiri.